Procedimientos.

Los inquisidores se establecían por un periodo definido de semanas o meses en alguna plaza central, desde donde promulgaban órdenes solicitando que todo culpable de herejía se presentara por propia iniciativa. Los inquisidores podían entablar pleito contra cualquier persona sospechosa. A quienes se presentaban por propia voluntad y confesaban su herejía, se les imponía penas menores que a los que había que juzgar y condenar. Se concedía un periodo de gracia de un mes más o menos para realizar esta confesión espontánea; el verdadero proceso comenzaba después.
Si los inquisidores decidían procesar a una persona sospechosa de herejía, el prelado del sospechoso publicaba el requerimiento judicial. La policía inquisitorial buscaba a aquellos que se negaban a obedecer los requerimientos, y no se les concedía derecho de asilo. Los acusados recibían una declaración de cargos contra ellos. Durante algunos años se ocultó el nombre de los acusadores, pero el papa Bonifacio VIII abrogó esta práctica. Los acusados estaban obligados bajo juramento a responder de todos los cargos que existían contra ellos, convirtiéndose así en sus propios acusadores. El testimonio de dos testigos se consideraba por lo general prueba de culpabilidad.
Los inquisidores contaban con una especie de consejo, formado por clérigos y laicos, para que les ayudaran a dictar un veredicto. Les estaba permitido encarcelar testigos sobre los que recayera la sospecha de que estaban mintiendo. En 1252 el papa Inocencio IV, bajo la influencia del renacimiento del Derecho romano, autorizó la práctica de la tortura para extraer la verdad de los sospechosos. Hasta entonces este procedimiento había sido ajeno a la tradición canónica.
Los castigos y sentencias para los que confesaban o eran declarados culpables se pronunciaban al mismo tiempo en una ceremonia pública al final de todo el proceso. Era el sermo generalis o auto de fe. Los castigos podían consistir en una peregrinación, un suplicio público, una multa o cargar con una cruz. Las dos lengüetas de tela roja cosidas en el exterior de la ropa señalaban a los que habían hecho falsas acusaciones. En los casos más graves las penas eran la confiscación de propiedades o el encarcelamiento. La pena más severa que los inquisidores podían imponer era la de prisión perpetua. De esta forma la entrega por los inquisidores de un reo a las autoridades civiles, equivalía a solicitar la ejecución de esa persona.
Aunque en sus comienzos la Inquisición dedicó más atención a los albigenses y en menor grado a los valdenses, sus actividades se ampliaron a otros grupos heterodoxos, como la Hermandad, y más tarde a los llamados brujas y adivinos. Una vez que los albigenses estuvieron bajo control, la actividad de la Inquisición disminuyó, y a finales del siglo XIV y durante el siglo XV se supo poco de ella. Sin embargo, a finales de la edad media los príncipes seculares utilizaron modelos represivos que respondían a los de la Inquisición.